Tiếp tục nói về vướng mắc của các doanh nghiệp (DN) xuất khẩu gạo đối với chính sách thuế mới trong Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15 (có hiệu lực từ ngày 1/7/2025), ông Đỗ Hà Nam, Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA), nhận định quy định mới về hoàn thuế GTGT đặt ra yêu cầu phải có bộ chứng từ xuất khẩu (XK) đầy đủ sẽ gây khó cho DN khi gặp trường hợp có thể 5 - 6 tháng phía đối tác vẫn chưa thanh toán được đơn hàng XK gạo.
Sẽ “căng” vốn vì vướng thuế
Đó là chưa kể một số nguồn hàng mà DN trong ngành hàng lúa gạo bắt buộc phải mua trước, tạm trữ và XK. Và khi hàng hóa đã XK đi rồi, có trường hợp sau khi đến cảng, đối tác nhận hàng xong rồi cho đến lúc trả tiền lại là cả khoảng thời gian không ngắn. Chính vì vậy, theo ông Nam, thông thường 3 - 6 tháng thì các DN xuất khẩu mới có được bộ chứng từ đầy đủ.
 |
|
Cần sớm tháo gỡ vướng mắc trong chính sách mới về hoàn thuế, thuế suất Giá trị gia tăng để các DN xuất khẩu nông sản giảm thiểu khó khăn về dòng tiền. |
“Từ tính toán như vậy, chúng tôi nhận định với tổng lượng XK gạo từ nay đến cuối năm 2025 thì số tiền cần được hoàn thuế của phía DN vào khoảng 2.000 tỷ đồng. Trước vướng mắc về chính sách hoàn thuế mới như vậy sẽ rất là “căng” đối với các DN xuất khẩu gạo đang khát vốn và vay vốn ngân hàng như hiện nay”, ông Nam nói.
Theo vị chủ tịch của VFA, nếu không có nỗ lực tháo gỡ vướng mắc về chính sách mới đối với hoàn thuế GTGT, các DN xuất khẩu gạo sẽ càng gặp nhiều khó khăn về dòng vốn. Đó là chưa kể, đôi khi DN gặp sai sót ở một số bộ chứng từ thì vấn đề hoàn thuế lại càng nan giải.
Thực ra, không riêng gì các DN xuất khẩu gạo, nhiều DN xuất khẩu trong các ngành hàng nông sản cũng đang gặp vướng mắc về vấn đề hoàn thuế trong Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 (điều này đã được VnBusiness liên tiếp phản ánh trong thời gian gần đây). Giới chuyên gia cho rằng việc chậm trễ hoặc bị từ chối hoàn thuế có thể ảnh hưởng đến dòng tiền, tiến độ sản xuất kinh doanh và gây thiệt hại cho DN xuất khẩu nông sản dù không có lỗi chủ quan.
Hoặc như vướng mắc trong khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa XK qua sàn thương mại điện tử (TMĐT) cũng gây không ít khó khăn cho các DN xuất khẩu nông sản.
Vướng mắc đang nằm ở Khoản 1, Điều 28, Nghị định 181/2025/NĐ-CP về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động XK hàng hóa qua sàn TMĐT ở nước ngoài yêu cầu cơ sở kinh doanh ngoài việc đáp ứng các điều kiện chung về khấu trừ còn cần thêm các tài liệu đặc thù như: hợp đồng với nhà quản lý sàn TMĐT nước ngoài, hóa đơn bán hàng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (hoặc thể hiện việc thu hộ), chứng từ hải quan, phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm (nếu có)…
Mặc dù đồng tình với mục tiêu kiểm soát chặt hoạt động XK hàng hóa qua môi trường TMĐT xuyên biên giới, tuy nhiên, tuy nhiên, qua phản ánh của nhiều DN thì trên thực tế triển khai, việc đáp ứng đầy đủ toàn bộ các tài liệu này là điều rất khó khăn khi không dễ có được tùy theo cách thức vận hành của từng sàn quốc tế.
Ví dụ, các sàn TMĐT quốc tế như Amazon không ký hợp đồng với DN, các khoản phí liên quan đến dịch vụ sàn (phí duy trì gian hàng, phí vận chuyển, phí lưu kho, ...) cũng không có hóa đơn hoặc chứng từ tài chính hợp lệ mà được trừ trực tiếp trên doanh số.
Khoản 5 tiền thu từ người tiêu dùng nước ngoài cũng không được sàn chuyển thẳng về tài khoản ngân hàng của DN mà buộc phải thông qua ví điện tử trung gian.
Trong khi đó, quy định hiện hành yêu cầu phải có hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, chứng từ vận đơn và phiếu giao hàng để được khấu trừ thuế GTGT và áp dụng thuế suất 0% khi XK.
Việc này khiến DN lúng túng, khó đáp ứng đầy đủ bộ hồ sơ hoàn thuế như quy định, dù thực tế giao dịch là hoàn toàn minh bạch, hàng hóa có khai hải quan, có hóa đơn GTGT đầu ra hợp lệ và thực sự được xuất bán ra nước ngoài.
Lúng túng thủ tục cấp giấy chứng nhận
Còn theo ông Nguyễn Thanh Bình, Chủ tịch Hiệp hội Rau quả Việt Nam, trong tình hình áp thuế đối ứng 20% từ Mỹ đối với hàng hóa XK từ Việt Nam thì các DN trong ngành hàng rau quả sẽ gặp nhiều khó khăn, chưa biết sẽ diễn biến như thế nào. Chính vì thế, có nên chăng Nhà nước cho tạm dừng áp dụng thuế GTGT 5% đối với nguyên liệu đầu vào.
Bên cạnh đó, ông Bình đề nghị nên giảm thuế thu nhập DN trong khoảng thời gian nhất định (như 2 - 3 năm) cho các DN xuất khẩu rau quả hay các DN xuất khẩu sang thị trường Mỹ.
Ngoài vướng mắc liên quan Luật thuế GTGT 2024 về thuế suất GTGT và thủ tục hoàn thuế GTGT, thì các DN xuất khẩu nông sản cũng đang tiếp tục gặp vướng ở khâu thủ tục.
Điển hình là các DN trong ngành hồ tiêu. Gần đây họ gặp vấn đề về Giấy chứng nhận an toàn thực phẩm. Trước đây thủ tục này do Cục trồng trọt và Bảo vệ thực vật (Bộ Nông nghiệp Môi trường phụ trách), thế nhưng từ ngày 1/7/2025 được phân cấp giao về cho UBND cấp tỉnh.
Tuy nhiên cấp tỉnh lúng túng không có đơn vị nào đứng ra cấp giấy, đơn vị đủ thẩm quyền cấp giấy thì không nắm được quy trình. Tình trạng vướng thủ tục để XK sang EU đã kéo dài gần 1 tháng, sau đó đã được cơ quan chức năng vào cuộc tháo gỡ.
Sau khi được gỡ vướng thủ tục về giấy chứng nhận an toàn thực phẩm thì các DN xuất khẩu hồ tiêu lại tiếp tục vướng mắc trong xin cấp giấy chứng nhận y tế để XK.
Trong trung tuần tháng 8/2025, Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam (VPSA) đã có văn bản gửi đến Văn phòng Chính phủ, Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Môi trường để phản ánh vướng mắc trong việc thực hiện theo Nghị định 148/2025, nhất là trong quá trình xin cấp giấy chứng nhận y tế (Health Certificate – HC) cho hàng hóa XK, đặc biệt là đối với mặt hàng hồ tiêu.
Theo đó, Nghị định 148/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 1/7/2025) quy định việc cấp giấy HC đã thuộc thẩm quyền của cơ quan chuyên môn về y tế thuộc UBND cấp tỉnh hoặc cơ quan được UBND cấp tỉnh giao nhiệm vụ.
Tuy nhiên, dù đã qua hơn một tháng thực hiện nhưng nhiều DN khi liên hệ với Sở Y tế Tp.HCM thì đơn vị này thông báo chưa nhận được hướng dẫn cụ thể về quy trình cấp giấy chứng nhận y tế và yêu cầu DN tiếp tục chờ đợi thông tin mới mà không rõ thời hạn.
Điều này đã ảnh hưởng đến hoạt động XK hồ tiêu của các DN. Đơn cử như có hai lô hàng XK (có giá trị tới 110.000 USD) đi Ma Rốc và Hồng Kông (Trung Quốc) đang gặp vướng mắc tương tự khi cần phải có giấy HC để được thông quan lô hàng. Nếu vướng mắc về thủ tục cấp giấy chứng nhận HC chưa sớm giải quyết sẽ ảnh hưởng lớn đến DN.
Thế Vinh